Louange à ALLAH. Paix et Salut sur Son Prophète.
Cher frère,
Il est illicite de prier dans les cimetières.
La prière efféctuée dans un cimetière est invalide, car le Prophète, , a dit : " Ne prenez pas les cimetières pour des mosquées, je vous l'interdis. " (Muslim) Et il a dit : " Toute la terre est une mosquée sauf les cimetières et les toilettes." (Ashab As-Sounane sauf Nassa'i)
Si la mosquée a été bâtie à l'intérieur du cimetière (donc est advenue après lui), alors elle a le même verdict légal que le cimetière. Seule la prière de la "Djanaza" (prière mortuaire) y est permise et toute autre prière efféctuée dans ce lieu est invalide.
Si c'est le cimetière qui est survenu après la construction de la mosquée, alors y prier est un acte abhorré (Makrouh), mais la la prière elle-même reste valide.
S'ils ont été bâtis en même temps, alors la prière efféctuée dans cette mosquée n'est pas valide car la prépondérance va à l'interdit.
Et comme on ne connaît lequel des deux a été construit avant l'autre, nous vous recommandons de ne pas prier dans cette mosquée sauf la prière de la "Djanaza".
En ce qui concerne la deuxième tranche de votre question, sachez qu'il est déconseillé au musulman d'emprunter une route qui tranverse un cimtière. Ils doit plutôt se contenter des autres routes qui ne le traversent pas même si cela lui engendre certaines contrariétés supplémentaires.
Néanmoins s'il est nécessaire de franchir ce chemin et qu'il considére (avec une forte probabilité) qu'il ne contient pas de tombes, alors sa traversée est dans ce cas permise légalement. Et Allah le Très-Haut sait mieux.