لعله يتضح من مُسَمَّى المسجد وجود علاقة بينه وبين ما مرَّ به المسلمون من الصلاة أولاً إلى بيت المقدس، ثم نُسِخ ذلك بالأمر بالتوجه إلى المسجد الحرام، بقوله تعالى: { قد نرى تقلب وجهك في السماء فلنولينك قبلة ترضاها فول وجهك شطر المسجد الحرام وحيثما كنتم فولوا وجوهكم شطره وإن الذين أوتوا الكتاب ليعلمون أنه الحق من ربهم وما الله بغافل عما يعملون } (البقرة:144).

ذلك أن الله عز وجل لما أنزل على نبيه صلى الله عليه وسلم الأمر بالتوجه إلى المسجد الحرام، أرسل رسولُ الله صلى الله عليه وسلم مناديًّا يبلغ المسلمين في أطراف المدينة أن القِبلة قد حُوِّلت، فلما جاء إلى محلة بني حرام من بني سلمة وجدهم وهم ركوع في صلاة الفجر وقد صلُّوا ركعة، فنادى أَلَا إن القبلة قد حولت، فمالوا كما هم نحو القبلة. كما روى ذلك مسلم في صحيحه. ومنذ ذلك الحين والمسجد يُدْعى بهذا الاسم.

ويقع مسجد القبلتين في الجنوب الغربي، قرب وادي العقيق وفوق رابية مرتفعة قليلاً، ويبعد عن المسجد النبوي قرابة خمسة كيلومترات بالاتجاه الشمالي الغربي، وقد جُدِّد بناؤه مرات عديدة .